Per come è strutturata ora (sotto chiarisco perché) le conversazioni e i media sono salvati cifrati nel server. Questo permette di ottenere il vantaggio della sincronizzazione tra diversi dispositivi pur mantenendo la privacy, visto che le chiavi di cifratura sono private e sconosciute al server (che non può così "leggere" le conversazioni o i files).

Le conversazioni possono comunque essere esportate in locale come files per fini di backup.

Esiste un progetto di lungo corso, da parte degli stessi svilluppatori, che si chiama Matrix P2P per consentire di avere nella rete anche conversazioni puramente P2P (peer-to-peer, quindi con salvataggio diretto nei dispositivi delle conversazioni e dei files e zero intervento di server intermedi per l'indirizzamento dei messaggi).

Spero di aver chiarito il punto.